1、競爭作用 

微生物之間的競爭主要包括營養(yǎng)源的爭奪，空間位點和氧氣的競爭。在植物病害方面主要是營養(yǎng)物質(zhì)和空間位點的競爭，當微生物作為抗病物質(zhì)優(yōu)先占據(jù)病原菌入侵位點后，不但可以分泌抗菌物質(zhì)阻止病原菌侵入，同時還能有效地與病原菌進行營養(yǎng)、水分和氧氣等方面的競爭，在土壤中建立起強大的有益微生物菌群，進而起到防控植物病害的作用?？莶菅挎邨U菌、細黃鏈霉菌等有益菌株主要是通過空間位點的競爭來抑制土壤病原菌的生長，同時通過營養(yǎng)的競爭來抑制土傳病害的發(fā)生。

2、拮抗作用 

利用有益微生物的代謝產(chǎn)物來抑制病原微生物的生命活動或直接殺死病原微生物是最基本的生防途徑。抗生與拮抗現(xiàn)象在微生物類群中普遍存在，有益菌產(chǎn)生的拮抗物質(zhì)主要包括：抗生素或細菌素類、抗菌肽類、蛋白類和酶類抑菌物質(zhì)（幾丁質(zhì)酶、溶菌酶或蛋白酶）；具有抗菌作用的活性物質(zhì)如有機酸、氨類、過氧化氫酶等初始代謝途徑中的副產(chǎn)品和其它次生代謝產(chǎn)物等。大量實踐證明，有益微生物對病原菌的阻控、拮抗作用具有很好生防效果。

3、寄生作用和溶菌作用 

拮抗微生物具有寄生與降解病原菌的能力。拮抗微生物寄生在病原菌上，由病原菌提供營養(yǎng)，病原菌的生命活動就會受到抑制。拮抗微生物產(chǎn)生的次生代謝物對病原菌的細胞壁有溶解作用，致使病菌原生質(zhì)溶解、菌絲斷裂、細胞壁穿孔、畸形、外溢而喪失活力，同時也使病原菌的孢子萌發(fā)受到抑制。

4、誘導作物抗性 

拮抗微生物不但能夠抑制植物病原菌，還能夠誘導植物體內(nèi)產(chǎn)生有益于增強植物抗病性的生理生化活性物質(zhì)，從而增強植物的抗病性。

調(diào)節(jié)作物生長 

土壤中的很多有益微生物可以刺激植物根系、種子和幼苗的生長發(fā)育，促進植株健壯，從而增強了作物對某些土傳病害的免疫能力。